Jeder biologisch wirtschaftende Landwirt und jeder Bio-Verarbeiter muß sich dem in der EU-Bio-Verordnung beschriebenen Kontrollverfahren unterziehen. Damit verbunden sind umfangreiche Aufzeichnungspflichten.
 

 
Der Kontrolleur führt damit eine Warenflußkontrolle durch, er prüft also, ob die Menge an eingesetztem Saatgut oder im Falle des Herstellers die Verarbeitungszutaten der verkauften Menge entspricht. Der Kontrolleur nimmt außerdem den gesamten Betrieb in Augenschein. Diese Kontrolle wird jährlich durchgeführt. Zusätzlich gibt es auch unangemeldete Kontrollen.

Nach der Kontrolle bekommt der Betrieb ein Zertifikat, das ihm erlaubt, seine Produkte bis zum nächsten Besuch des Kontrolleurs als "Bio" oder "Öko" und mit Kontrollstellenzeichen zu verkaufen.